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长期从事活动构造、地震地质和工程地震研究，对我国华北、山西、天山、阿尔泰山和青藏高原的活动构造和大地震区地震构造有深入的研究；对走滑、挤压和拉张等不同类型构造的几何学、运动学和形成机制有创造性发展；建立和发展了活动构造大比例尺填图技术，发展了古地震研究，领导了全国活动构造地质填图和研究工作，推进了定量活动构造学研究；系统编制了我国活动构造图，总结了我国活动构造和应力场特征，提出了新的运动学和动力学模式；主编完成了我国第一份经国家批准使用的地震烈度区划图，成为全国抗震设防标准；完成了大量城市和大中型工程活动构造及地震安全性评价工作，为国家经济建设发展作出了重要贡献。
先后出版专著13部，论文200余篇，被SCI统计引用高达762次，CSCD统计引用627次，先后获国家科技进步二等奖2项，国家地震局科技进步一、二等奖5项，三等奖5项，1991年获得第二届李四光地质科学奖。目前在中国地震局地质研究所任研究员。
邓起东院士1961-1978年曾在原中国科学院地质研究所工作。
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